办公室（人事处与其合署办公）。负责机关日常运转工作，承担安全、保密、信访、政务公开、档案、新闻宣传、国际合作和省际间合作交流等工作。承担机关和直属单位的人事管理、机构编制、教育培训、队伍建设、人才培养等工作。

规划财务和政策法规处。承担拟订医疗保障工作规划并组织实施相关工作。承担机关财务、资产管理工作。承担机关和直属单位预决算、内部审计工作。负责省直医疗保障基金的预算编制、基金内部审计工作。推进全省医疗保障信息化建设。组织起草相关地方性法规和省政府规章草案。承担规范性文件的合法性审查和行政应诉等工作。承担推进基本医疗保险省级统筹、全民参保统筹协调等工作。承担信息、文字综合等工作。

待遇保障处。拟订全省医疗保障筹资和待遇政策，统筹城乡医疗保障待遇标准。统筹推进多层次医疗保障体系建设。建立健全医疗保障关系转移接续制度。组织拟订长期护理保险制度改革方案并组织实施。指导全省医疗保障经办业务。

医药服务管理处。拟订医保目录和支付标准，建立动态调整机制，承担医保目录准入相关工作。拟订定点医药机构的医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算政策。组织推进医保支付方式改革。组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。

医药价格和招标采购处。拟订药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策并组织实施，建立价格信息监测和信息发布制度。拟订药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策并监督实施，推进招标采购平台建设。

基金监管处。拟订医疗保障基金监督管理办法并组织实施。建立健全医疗保障基金安全防控机制，建立健全医疗保障信息披露制度与信用评价体系。监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医疗保障经办业务，依法查处医疗保障领域违法违规行为。负责省直医疗保障基金的安全防控工作。

机关党委。负责机关及直属单位的党群工作。